Epidemiologia i szybkie rozprzestrzenianie się lekooporności wśród szczepów z rodzaju Acinetobacter spp. na oddziałach szpitalnych - analiza z użyciem nowoczesnych metod epidemiologii molekularnej

Opis projektu:
Według danych ECDC z 2017 r., 8,3% pacjentów przebywających na oddziałach intensywnej terapii (OIT) zgłosiło co najmniej jedno zakażenie szpitalne: zapalenie płuc, zakażenie krwi lub zakażenie dróg moczowych. W Polsce dużym problemem w tych zakażeniach są szczepy Acinetobacter baumannii (AB), dwukrotnie częściej izolowane niż w pozostałych krajach europejskich. Ostatnio inne gatunki w tym A.lwoffii lub A.ursingii okazują się być równie istotne klinicznie. Nie ma systematycznych badań dotyczących rozmieszczenia gatunków Acinetobacter w różnych typach infekcji. Dodatkowo w polskich laboratoriach identyfikacja izolatów innych niż AB jest niedokładna. Zakażenia wywołane wielolekoopornymi szczepami trwają dłużej, a lekarze mają ograniczone opcje terapeutycze. Oporność na karbapenemy stwierdzono u 64% izolatów AB w Europie i 80% w Polsce. ECDC i WHO uznały AB oporne na karbapenemy za patogen o wysokim priorytecie. Szczepy szpitalne inne niż AB nie wykazują tak wysokiej oporności jak AB, ale mogą być źródłem genów oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe, które mogą przenosić się do populacji bakterii poprzez horyzontalny transfer genów. Na przykład najważniejsza karbapenemaza AB-OXA-23 pochodzi od A. radioresistens. Nasze poprzednie badania pokazują, że klony AB oznaczone jako IC1 i IC2 głównie powodują epidemie w szpitalach. W przypadku wybuchu epidemii zespół kontroli zakażeń szpitalnych przeprowadza badania w celu wykrycia źródła zakażenia. W tym celu często uruchamiane są metody typowania molekularnego, ponieważ pozwalają one potwierdzić, czy izolaty epidemiczne należą do jednego klonu/klastra. W przypadku AB metody, które stosowaliśmy takie jak elektroforeza w polu pulsacyjnym (PFGE) czy rep-PCR nie zawsze wystarczająco różnicują szczepy i są coraz częściej zastępowane metodami opartymi na sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS), które zapewniają wyższą siłę dyskryminacyji. Porównanie całych genomów izolatów daje nowe możliwości w badaniu transmisji szczepów. W ogniskach klonalnych wywołanych przez AB w Polsce, izolaty nie były jeszcze porównywane w oparciu o zmienność wariantów jednonukleotydowych lub profilowanie poszczególnych alleli genów określane mianem cgMLST. Dzięki metodzie opartej na WGS w naszym badaniu dążymy do lepszego zrozumienia częstości występowania, różnorodności klonów oraz potencjału przenoszenia oporności i ryzyka zjadliwości.

Powrót >