Ocena przydatności sekwencjonowania NGS i profilowania mikrobiomu-DynaMAP do analizy zaburzeń składu mikrobioty i identyfikacji patogenów w przebiegu biegunek o nieustalonej etiologii u pacjentów z nowotworami krwi– badanie pilotażowe

W Polsce nowotwory krwi są diagnozowane u ok. 150 tys. pacjentów, a liczba ta rok rocznie wzrasta o ponad 6 tys., co przekłada się na dwukrotnie większą zachorowalność w ciągu ostatnich 30 lat. Mimo zaawansowanych metod leczenia nowotworów nadal jednym z najczęstszych problemów klinicznych, są wyniszczające organizm pacjenta biegunki. Powodują one nie tylko dyskomfort i pogorszenie jakości życia pacjenta, ale także mogą prowadzić do poważnych powikłań, obejmujących m.in. odwodnienie, niedożywienie, czy zakażenia. Niestety ze względu na ograniczenia metod mikrobiologicznych nie zawsze możliwe jest ustalenie mikroorganizmu odpowiedzialnego za biegunkę. Ponadto obecne schematy diagnostyczne nie uwzględniają badania składu i wzajemnych proporcji pomiędzy głównymi składnikami mikrobioty, której homeostaza zarówno podczas choroby jak i w trakcie stosowania różnych terapii ulega znacznemu zaburzeniu. W konsekwencji podejmowane jest jedynie objawowe, a nie celowane leczenie. Projekt zakłada kompleksowe podejście do diagnostyki biegunek poprzez zastosowanie najnowszej technologii profilowania mikrobiomu -DynaMAP, które dzięki braku konieczności amplifikacji, oraz czasochłonnego przygotowania biblioteki jest szybszą, tańszą i bardziej precyzyjną alternatywą dla dotychczas powszechnie stosowanych metod eksploracji mikrobiomu. W związku z tym iż jest to najnowsze i bardzo obiecujące narzędzie, które nie jest jeszcze rutynowo dostępne w laboratoriach, przeprowadzone zostaną równolegle badania z zastosowaniem szeroko rozpowszechnionego w badaniach mikrobiomu sekwencjonowania następnej generacji w celu porównania uzyskanych wyników z obu metod. Efektem końcowym badania będzie ocena składu mikrobioty i wzajemnych proporcji głównych grup bakterii oraz ustalenie czynników etiologicznych w przebiegu biegunek u pacjentów z nowotworem krwi.

Powrót >